La zona on es projecta la nova edificació es troba en el extrem Sud-Est de la ciutat romana davant de l'actual aparcament públic i amb vistes sobre el conjunt de la Neàpolis.

És un indret sense edificacions, formant part del marge inferior de la carretera d'accés al Museu i ocupa també una part de l'esplanada de l'actual aparcament d'autocars. És una zona poc urbanitzada, a excepció d'una tanca de protecció que separa els terrenys de l'Ajuntament i els del Museu.

Es projecta un edifici que utilitza el desnivell existent entre la cota superior de la carretera i la inferior de l'esplanada per construir una única planta enterrada per la part posterior i amb coberta plana de gespa, reduïnt d'aquesta manera l'impacte visual de la nova construcció en relació als jardins que l'envolten.

La definició volumètrica del conjunt s'organitza mitjançant una sèrie de plans inclinats de formigó vist que creen un espai continu que acompanya l'accés del visitant al recinte mitjançant una seqüència lineal que s'estreny cap a la zona d'entrada, la sala d'informació i la botiga i que, un cop travessat un pati interior descobert, l'espai d'aquesta s'expandeix en el punt on apareix la visió de les ruïnes de la neàpolis grega.

L'arquitectura de la nova edificació no pretén en qualsevol cas emular o integrar-se amb les fortes arquitectures presents en les ruïnes d'Empúries sinó, ben al contrari, planteja un edifici que formi part dels jardins que encerclen aquestes ruïnes.

Per això es proposa una geometria "natural", "grutesca", que pren el seu sentit a partir dels atributs propis del paisatge enjardinat del lloc, dels marges amb herba natural o de les pinedes, renunciant a qualsevol possible diàleg arquitectònic amb les restes arqueològiques veïnes.

Interiorment, l'edifici s'organitza a través d'un recorregut lineal amb una seqüència intermitent d'espais oberts i tancats. La porta d'accés és una intersecció entre dos murs ortogonals -el del marge existent sota la carretera actual i un de nou que serveix de tanca de l'espai del aparcament de vehicles-.

Un cop travessada aquesta porta s'entra a un espai ampli al costat d'un pati interior descobert, amb dos pins, que il·lumina la zona central de l'edifici. Al voltant d'aquesta zona de recepció s'hi col·loquen la botiga, la taquilla d'entrades, l'espai de guarda-roba i motxilles dels grups de visitants, el magatzem de material de la botiga i la venda d'entrades, i els panells d'informació general del conjunt arqueològic.

Seguint el recorregut longitudinal es travessa per davant del pati interior i s'arriba a l'espai de sortida, des d'on es descobreix de manera sobtada la visió del conjunt de les ruïnes, amb el golf de Roses i les Alberes al fons de la perspectiva.

A l'esquerra d'aquest punt s'hi troba l'espai de projeccions de vídeos- sala multimèdia-, que és un espai fosc però que no necessàriament cal tancar, a fi de mantenir una relació més directa amb l'exterior, mentre dura la projecció informativa. A la dreta, i de forma aïllada de les altres dependencies, s'hi projecta la cafeteria amb una terrassa oberta sota els pins i enfocada també cap a les ruïnes. Els serveis es situen al extrem de l'edifici amb accés i ventilació exteriors.